Trong mùa khô, Kalabahi có các chuyến bay (5 lần/tuần) từ Kupang, thủ phủ tỉnh, sử dụng máy bay ATR 42 với 46 chỗ ngồi do TransNusa Trigana Air (Trigana Air Service) và Kasa 18 chỗ ngồi. Các chuyến bay này do Merpati Airlines điều hành. Phần lớn các chuyến bay là tuyến Kupang - Kalabahi - Kupang, nhưng từ giữa năm 2003 thì có thêm một tuyến bay mới gồm các điểm dừng Kupang - Kalabahi - Kisar - Ambon, trở về ngày hôm sau đã được khai thác. Hai tàu thủy chở khách của Pelni là Serimau và Awu cũng rẽ vào Kalabahi mỗi tuần. Vận tải tới đảo Alor về mùa mưa đôi khi bị gián đoạn do gió to và sóng lớn.

Ngày 17 tháng 11 năm 2006, Trigana Air hứng chịu tai nạn máy bay rơi đầu tiên của mình. Máy bay (de Havilland Canada DHC-6 Twin Otter 300) đâm vào núi tại Puncak Jaya (Indonesia) bảy phút trước khi được phép hạ cánh tại tỉnh Papua của Indonesia. Tất cả 12 hành khách đều chết ngay sau khi sự cố xảy ra.